Embætti biskups Íslands og Kristnisjóður hafa fengið greidda 42 milljarða króna úr ríkissjóði á grundvelli kirkjujarðasamkomulagsins á síðustu 20 árum. Ekki er vitað nákvæmlega hvaða jarðir þetta eru og er ómögulegt að vita hvers virði jarðirnar eru. Stærstur hluti þessarar fjárhæðar hefur runnið til biskupsembættis þjóðkirkjunnar í formi launagreiðslna presta, alls 40 milljarðar króna. Rúmir tveir milljarðar hafa runnið í Kristnisjóð. Þetta kemur fram í svari Bjarna Benediktssonar fjármálaráðherra við fyrirspurn Björns Leví Gunnarssonar, þingmanns Pírata.
Kirkjujarðasamkomulagið gengur út á að ríkið greiðir laun presta og starfsmanna Þjóðkirkjunnar auk hluta rekstrarkostnaðar í skiptum fyrir að eignist jarðir kirkjunnar og aðrar eignir sem þeim fylgja, að prestssetrum frátölum.
Um 40 milljarðar hafa runnið til Embættis biskups Íslands í formi launagreiðslna presta frá árinu 1998, á þessum tíma hafa rúmir tveir milljarðar runnið í Kristnisjóð. Ríkið hefur selt fjölda kirkjujarða og prestssetur bæði áður og eftir að samkomulagið var gert.
Í svarinu kemur fram að engin sjálfstæð rannsókn eða verðmat verið gerð af hálfu ríkisins til að meta verðmæti jarðanna sem greitt er fyrir með kirkjujarðasamkomulaginu. Er þó vísað í álitsgerð Kirkjueignarnefndar frá árinu 1984 þar raktar eru eignir kirkjunnar allt frá því fyrir siðaskipti. „Ekki var farið í sjálfstæða rannsókn eða verðmat á öllum þeim eignum sem til álita komu enda hefði þurft að rannsaka sögu hverrar landspildu eða jarðar fyrir sig, í sumum tilvikum jafnvel margar aldir aftur í tímann. Þegar forsagan lægi fyrir hefði síðan þurft að taka ákvörðun um lögfræðilega stöðu viðkomandi eignar og komast svo að sameiginlegri niðurstöðu fulltrúa ríkis og þjóðkirkjunnar hvorum megin einstakar eignir áttu að lenda og hvert væri áætlað verðmæti þeirra. Forræði þessara eigna var á hendi fleiri ráðuneyta svo sem landbúnaðar-, menntamála- og dóms- og kirkjumálaráðuneyta. Ómögulegt er því að segja til um verðmæti allra þeirra landspildna, fasteigna og jarða sem tilheyra ríkissjóði samkvæmt samkomulaginu. Þetta á bæði við um verðmæti þessara eigna á þeim tíma og virði þeirra nú,“ segir í svari ráðherra.